En el organigrama de la escuela, los Patrocinadores de la Escuela «delegan» la coordinación de la formación en el equipo coordinador, formado por cuatro personas
En este equipo hay un representante de los sacerdotes diocesanos, otro de los religiosos/as, otro del laicado misionero y otro del Centro La Salle.

Isidoro Sánchez López

Director de la Escuela de Formación Misionera.

Sacerdote diocesano del IEME.

Representante del clero diocesano en el Equipo Directivo.

Benjamín Gómez Salas

Vocal de la Escuela de Formación Misionera.

Misionero javeriano.

Representante de la CONFER (Conferencia de Religiosos/as Españoles) en el Equipo Directivo.

Felipe García Prieto

Adminstrador de la Escuela de Formación Misionera.

Hermano de La Salle.

Representante de la Institución sede de la escuela en el Equipo Directivo.

Felipe Ranilla López

Vocal de la Escuela de Formación Misionera.

Miembro de Ocasha-Cristianos con el Sur, laica diocesana.

Representante de la CALM (Coordinadora de Asociaciones de Laicado Misionero) en el Equipo Directivo.